Caratterizzazione molecolare dei siti di integrazione del virus dell'epatite B nel carcinoma epatocellulare

Il carcinoma epatocellulare (HCC) è un tumore solido considerato la seconda causa di mortalità per cancro a livello mondiale. Lo sviluppo di HCC è guidato da diversi fattori tra cui le infezioni da virus dell'epatite B (HBV). Uno dei principali meccanismi mediante il quale HBV è in grado di aumentare il rischio di sviluppo di epatocarcinoma è la sua capacità di integrarsi nel genoma dell'ospite. Date queste premesse, questo studio si prefigge lo scopo di individuare i siti di integrazione di HBV nel genoma umano. Metodi: sono stati analizzati 6 tessuti tumorali (T) e 6 tessuti non tumorali (NT) di pazienti HBsAg positivi affetti da HCC. Il DNA è stato estratto da tessuto e successivamente frammentato tramite sonicazione, sono stati legati dei linkers tramite reazione di ligazione e successivamente effettuato un primo round di PCR usando primer specifici per le sequenze di HBV. Un secondo round di PCR è stato effettuato usando adattatori che permettono il legame delle librerie alla flowcell Illumina. Il sequenziamento è stato eseguito con metodologia NGS su piattafroma Illumina MiSeq. Risultati: è stato rilevato un totale di 2.839 siti unici di integrazione (2.476 nei tessuti tumorali e 363 nei non tumorali), la maggior parte dei siti di breakpoint in HCC sono localizzati a livello di geni codificanti e sono state individuate integrazioni anche in regioni ripetute del DNA come SINE, LINE e LTR. È stata inoltre analizzata la presenza di sequenze di micro-omologia (MH) tra il DNA nucleare e il genoma di HBV a livello dei siti di integrazione, dai nostri risultati si evince che la maggior parte dei siti unici di integrazione di HBV ha effettivamente mostrato la presenza di MH sia in campioni di T che NT; ciò suggerisce che queste sequenze potrebbero promuovere l’inserzione virale a livello dei brackpoint genomici. Si è inoltre rilevato che un numero cospicuo di geni target dell’integrazione virale è coinvolto in patwhay metabolici facenti parte dei processi tumorigenici e, solo nei tessuti tumorali, sono stati rilevati come target dell’integrazione virale anche geni denominati “cancer driver” suggerendo il loro potenziale ruolo nello sviluppo di HCC.